In Time - The Best of R. E. M. 1988-2003 je druhým oficiálním výběrovým albem kapely R. E. M. Album bylo vydáno v roce 2003 a obsahuje nahrávky z alb nahraných u Warner Bros. Records, od Green z roku 1988 až po Reveal z roku 2001, dále dvě nově nahrané písně a jednu píseň z filmového soundtracku. Bad Day bylo napsáno už v roce 1986, v době, kdy byl Bill Berry stále v kapele, ale finální verze byla dokončena až pro album In Time. Animal byla původně napsána pro následující studiové album. Podobně byla píseň All The Right Friends napsána na začátku 80. let a nahrána kapelou až pro film Camerona Crowea Vanilla Sky z roku 2001. The Great Beyond byla vydána v roce 1999 na soudtracku k filmu Miloše Formana Muž na Měsíci a stala se největším hitem R. E. M. ve Velké Británii, kde dosáhla na třetí místo žebříčku. Album In Time - The Best of R. E. M. 1988-2003 bylo také vydáno ve speciální limitované dvoudiskové edici, která obsahuje rarity a B-strany ze stejného období. Jednodisková edice se umístila na prvním místě britského a na osmém místě amerického žebříčku a získala zlatou desku. Dvoudisková edice se umístila na 16. místě amerického a na 37. místě britského žebříčku. Tracklist: Side A Man On The Moon The Great Beyond Bad Day What's The Frequency, Kenneth? Side B All The Way To Reno Losing My Religion E-Bow The Letter Orange Crush Imitation Of Life Side C Daysleeper Animal The Sidewinder Sleeps Tonite Stand Electrolite Side D All The Right Friends Everybody Hurts At My Most Beautiful Nightswimming.